忍者神龟被一把神奇的魔杖传送到了17世纪的日本,他们将在那里对抗邪恶的Norinaga勋爵,并夺回魔杖拯救纽约市!。三人必须共同打击犯罪，同时打击鲁宾犯罪，必须与街头犯罪者、克罗基德政治家、保加利亚王子、精神领袖、音乐厅明星和象形人合作。。
